قصة أنمي s.CRY.ed تبدأ بعد أن تنفصل قطعة أرض عن اليابان نتيجة لظاهرة جيولوجية و تسمى هذه القطعة باسم الارض المفقودة يتمتع 1% من مواليد هذه الأرض بقوة الألتر ... يتابع الأنمي قصة الصراع بين مستخدم الألتر كازوما من جهة و اعضاء منظمة الهولي لمحاربة مستخدمي الألتر و اهمهم رايهو و خلال قصة المسلسل نتعرف على مستخدمي ألتر اخرين مثل بيف صاحب المطرقة و تاتشيبانا صاحب الايترنتي ايت (كرات تستخدم للسيطرة على الاخرين) و تاتسونامي صاحب المسدس الكبير الذي يبيد أعداءه بطلقات من سلاحه .. و غيرهم الكثير .. خلال هذا الصراع تظهر النوايا الخفية للمسؤولين عن الهولي.
