قصة أنمي 86 تبدأ بعد أن تعرّضت جمهورية ماجنوليا للهجوم من قِبَل جارتها إمبراطورية Giadian، وعلى إثر ذلك الهجوم، تكوّن خارج المقاطعة 85 من البلاد خليّة سريّة ليْس لها أي وجود على الأوراق الرسميّة تُسمّى المنطقة 86 لتكون بؤرة المقاومة التي يُواصل خلالها الشباب والشابّات القتال ضد المُستعمر. بطلنا شين هو المسئول عن إدارة أعمال المفجّرين الانتحاريين من الشباب، في حين أن لينا هي القائمة على كتائب إبطال المتفجّرات من على بُعد، ومن هنا تبدأ قصة الصراع المأساوي بيْن هذيْن الاثنين.
